Ang mga pakikipagsapalaran ng Mani the mouse ay magpapatuloy sa larong Mani Mouse 2 at muli silang maiugnay sa paghahanap at koleksyon ng keso. Tulad ng sa nakaraang serye, nalaman ng pangunahing tauhang babae na ang mga pulang pusa ay naglaan ng lahat ng keso, pagkatapos ay nakuha niya ito, ngunit ang pangangailangan ay lumitaw muli, na nangangahulugang ang mouse ay tatama muli sa kalsada, kahit na ito ay nasa panganib. Dahil naghihintay na sa kanya ang mga pusa, pinataas nila ang seguridad sa pamamagitan ng pagdaragdag ng mga bagong mapanganib na bitag, magkakaroon pa nga ng paghihimay, at ang mga robot na pusa ay umangat sa hangin. Hindi ito magiging madali, ngunit ang mouse ay hindi rin umupo nang walang kabuluhan, nagsanay siya sa paglukso, dahil sila lamang ang makakapagligtas sa kanya mula sa lahat ng uri ng mga problema sa Mani Mouse 2.
