Si Mario ay hindi masigasig sa Halloween, dahil kadalasan sa oras na ito ang lahat ng masasamang espiritu ay aktibo sa mga kalawakan ng Kaharian ng Mushroom at inilabas ni Bowser ang lahat ng kanyang mga kampon para gumawa ng gulo. Sa Super Mario Flash Halloween Version, tutulungan mo si Mario na mahanap ang lahat ng mga kontrabida at tapusin sila sa pamamagitan ng pagtalon mula sa itaas. Ang lahat ng mga kaibigan ng bayani at maging ang kapatid ni Luigi ay nagtatago sa bahay at hindi nakalabas ang kanilang ilong, tanging ang matapang na tubero ay hindi natatakot sa sinuman. At may dahilan para dito - ikaw, ang maliksi na manlalaro, ang kumokontrol sa bayani at hindi hahayaang magkamali sa Super Mario Flash Halloween Version.
