Sa mahabang pagtitiis na lungsod, ang mga masasamang tao ay bumalik sa Naruto 3D Game. Sa literal noong nakaraang araw, ang dilaw na bayani ay nakipag-usap sa mga Huggy na halimaw at ang mga taong-bayan ay bumuntong-hininga nang mahinahon, ngunit ang mga laruang halimaw ay pinalitan ng mga masasamang tao - mga itim na ninja, at tanging ang bayani na kilala mo sa ilalim ng pangalan ng Naruto ang makakahawak sa kanila. Isang lalaking nakasuot ng matingkad na jumpsuit na may dilaw na buhok na nakadikit ang handang iligtas muli ang lungsod. Sa kanang itaas ay makikita mo ang isang mapa kung saan ang mga bandido ay minarkahan ng mga pulang tuldok. Gamitin ang mga arrow ng ASDW upang ilipat ang bayani, at sa sandaling mahanap mo ang kontrabida, sirain siya, tulad ng alam ni Naruto kung paano. Mag-click sa pindutan ng mouse, at gagawin ng bayani ang lahat ng kanyang sarili. Ang kalaban ay mahuhulog kung ang bar sa itaas ng kanyang ulo ay mawala sa Naruto 3D Game.
