Naglalakbay sa Kalawakan, ang isang mananaliksik na nagngangalang Tom ay patuloy na nakatagpo ng iba't ibang mga sinaunang artifact. Upang ang iyong bayani ay makarating sa kanila, kailangan niyang malutas ang iba't ibang mga puzzle. Ikaw sa larong Puzzle Galaxies ay makakatulong sa kanya dito. Sa harap mo sa screen makikita mo ang isang disenyo na binubuo ng mga cube. Ang bawat isa sa kanila ay hahatiin sa loob sa pantay na bilang ng mga square zone. Sa bawat zone makikita mo ang isang bola ng isang tiyak na kulay. Gamit ang mga control key, paikutin mo ang mga cube sa paligid ng axis nito sa espasyo. Ang iyong gawain ay upang itakda ang mga item na ito upang ang lahat ng mga bola ay nakaayos sa isang tiyak na pagkakasunod-sunod. Sa sandaling gawin mo ito, bibigyan ka ng tiyak na bilang ng mga puntos sa larong Puzzle Galaxies at magpapatuloy ka sa susunod na antas ng laro.
