Isinagawa ang mga eksperimento sa pangunahing karakter ng larong Mutant Escape sa isang lihim na laboratoryo. Ang mga siyentipiko ay naglabas ng isang mutant mula sa kanya para sa mga pangangailangan ng militar. Minsang nakalimutan ng isa sa mga guwardiya na isara ang pinto ng selda at nakalabas ang ating bida. Ngayon ay makakatakas na siya, at tutulungan mo siya dito. Gamit ang mga control key, ipapahiwatig mo kung saang direksyon dapat ilipat ang iyong karakter. Sa paraan, kailangan niyang mangolekta ng iba't ibang mga item at armas. Ang mga guwardiya ay naglalakad sa paligid ng laboratoryo kung saan ang iyong karakter ay kailangang makisali sa labanan. Sa tumpak na pagbaril, masisira mo ang iyong mga kalaban at para dito bibigyan ka ng mga puntos sa larong Mutant Escape. Maaari mo ring kunin ang mga tropeo na maaaring mahulog sa mga guwardiya.
