Ang mga cookie monster ay lumitaw sa isang maliit na bayan. Nakuha ng mga halimaw na ito ang halos buong lungsod. Isang matapang na biker na nagngangalang Tom ang nagpasya na makipag-away sa kanila. Ikaw sa larong Cookies Must Die ay tutulong sa kanya sa pakikipagsapalaran na ito. Sa harap mo sa screen ay makikita ng iyong karakter, na nasa kalye. Ang mga halimaw ay makikita sa isang tiyak na distansya mula sa kanya. Kailangan mong mag-click sa bayani gamit ang mouse. Sa ganitong paraan tatawag ka ng isang espesyal na linya. Sa tulong nito, kakalkulahin mo ang puwersa at tilapon ng pagtalon. Kapag handa na, gagawin ito ng iyong karakter. Ang pagkakaroon ng paglipad sa isang tiyak na distansya, ang ating bayani ay bumangga sa isang halimaw at hampasin. Kaya, sisirain niya ito at para dito bibigyan ka ng mga puntos sa larong Cookies Must Die.
