Ang larong Merge Commander Battle ay magsisimula sa isang sundalo at sa kanyang magic cart, kung saan siya ay tadtarin at isalansan ang mga nakahandang log sa tulong mo. Ang pagkakaroon ng natanggap na pera para sa ibinebentang kahoy, ang bayani ay magagawang dagdagan ang kanyang iskwad ng isa pang sundalo. At pagkatapos ay madaragdagan pa. Hindi hihikab ang kariton, mabilis itong magdudugtong sa dalawang magkatulad na mandirigma. At bibigyan ka ng isa, ngunit mas may karanasan at malakas. Sa itaas ng mga ulo ng mga sundalo, makikita mo ang kanilang lakas at masusuri kung gaano kahanda ang iyong iskwad na makipagkita sa mga pulang mandirigma mula sa grupo ng kaaway. Lumipat nang malalim sa kagubatan at manalo. Ang mga cart bilang isang tropeo ay gagawing mas maluwag at maluwang ang sa iyo sa Merge Commander Battle.
