Nagpasya ang ninja na iunat ang kanyang mga binti at tumakbo sa paligid ng lungsod upang mangolekta ng mga barya. Sa larong Ninja Runner makakatagpo ka ng isang bayani at tulungan siyang ayusin ang parkour ng lungsod. Walang mga hindi malulutas na taas para sa bayani, maaari kang mag-click sa lalaki nang maraming beses at siya ay tumalon sa anumang rurok: isang platform, isang tore at isa pang rurok. Sa pagtakbo sa antas, maaari kang lumipat sa isa pa, ngunit mag-ingat, sa mga bagong antas ay magkakaroon ng karagdagang mga hadlang sa anyo ng mga matutulis na spike na hindi mo kailangang tumalon upang hindi mawala ang mga puso sa buhay. Parami nang parami ang matalim na mga hadlang, na nangangahulugan na kailangan mong maging napakabilis at maliksi upang mailigtas ang ninja mula sa pagkawala ng mga buhay sa Ninja Runner.
