Sa direksyon ng isang maliit na pamayanan na matatagpuan sa Japan, isang detatsment ng mga magnanakaw ang gumagalaw. Kahit na pinapatay nila ang mga lokal at ninakawan ang nayon. Isang matapang na ninja warrior ang tumayo upang protektahan ang mga lokal. Ikaw sa laro Phase Ninja ay tutulong sa bayani na labanan ang mga kontrabida. Sa harap mo sa screen ay makikita ng lugar kung saan matatagpuan ang iyong karakter. Ang isang yunit ng kaaway ay lilipat sa kanyang direksyon. Sa tulong ng iba't ibang mga paghagis ng mga armas at isang busog na may mga arrow, maaari mong sirain ang mga kalaban sa malayo. Kapag malapit na ang kalaban, bubunot ka ng iyong espada at nakikibahagi sa malapit na labanan. Sa pamamagitan ng paghampas ng espada sa kalaban, sisirain mo sila at makakuha ng mga puntos para dito. Matapos ang pagkamatay ng mga kaaway, magagawa mong kunin ang mga tropeo na mahuhulog sa kanila.
