Gumagana ang karakter ng larong Funny Zoo Emergency sa city zoo. Kasama sa kanyang mga tungkulin ang pag-aalaga sa mga hayop na nakatira dito. Tutulungan mo siyang gampanan ang kanyang mga tungkulin. Sa harap mo sa screen, halimbawa, isang maliit na batang leon ang makikita. Buong araw siyang naglaro at ngayon ay napakadumi. Kakailanganin mong paliguan ang hayop gamit ang iba't ibang mga gamit sa paliguan at gawin itong malinis. Pagkatapos ay suriin ang hayop. Kung ang batang leon ay medyo may sakit, pagkatapos ay kailangan mong pagalingin siya gamit ang mga medikal na instrumento at mga gamot. Pagkatapos nito, kakailanganin mong pakainin ang hayop ng masarap at masustansyang pagkain at patulugin ito. Pagkatapos nito, sisimulan mong tulungan ang susunod na hayop sa larong Funny Zoo Emergency.
