Nagpasya si Thomas the Tank Engine at ang kanyang mga kaibigan na subukan ang kanilang memorya. Ikaw sa larong Thomas and Friends Mix Up ay sasali sa kanila sa kasiyahang ito. Sa harap mo sa screen makikita mo ang playing field kung saan nakaharap ang mga card. Sa isang galaw, maaari mong ibalik ang alinmang dalawang card at tingnan ang mga larawan sa mga ito. Pagkatapos nito, babalik sila sa kanilang orihinal na estado at muli kang gagawa ng isang hakbang. Ang iyong gawain ay maghanap ng dalawang magkaparehong larawan sa mga card at buksan ang mga ito nang sabay. Kaya, aalisin mo ang mga card kung saan inilalarawan ang mga ito sa playing field at bibigyan ka ng mga puntos para dito sa larong Thomas and Friends Mix Up. Kapag ganap mong na-clear ang field ng mga baraha, maaari kang magpatuloy sa susunod na antas ng laro.
