Nakuha ng mga pirata ang lahat at maging ang ninja ay nawalan ng pasensya at nagpasya na parusahan ang mga mapangahas na magnanakaw sa dagat. Isang squad ng mga ninja ang nagtayo ng isang ambush sa isa sa mga isla kung saan pana-panahong tinitingnan ng mga pirata na itago ang kanilang mga ninakaw na kayamanan. Sa larong Angry Ninja tutulungan mo ang ninja na sirain ang mga pirata. Susubukan ng mga kontrabida na magtayo ng mga kuta at magtago sa likod ng mga ito, ngunit ang iyong tumpak na mga kuha ay tangayin ang lahat sa kanilang landas. Ang larong Angry Ninja ay ginawa sa istilo ng Angry Birds, ngunit sa halip na sila at mga baboy, ganap na magkakaibang mga character. Ang mga ninja mismo ay magiging mga projectiles, at ilulunsad mo ang mga ito sa mga pirata na nagtago sa likod ng iba't ibang uri ng mga beam sa Angry Ninja.
