Ang mga larong runner ay napakasikat at hindi nakatakbo sa mga virtual na kalsada, highway, at metrong railway lines. Iniimbitahan ka ng larong Nano Ninjas na tumakbo kasama ang isang mapaglarong maliit na ninja. Nagpasya siyang pumunta sa treasure hunting at nakahanap pa ng isang sinaunang templo kung saan makakakuha siya ng isang bagay na mahalaga. Ngunit bilang isang resulta, maaaring hindi lamang siya makatanggap ng wala, ngunit mawalan din ng kanyang buhay. Sa sandaling sinundot niya ang kanyang ulo sa templo, isang malaking itim na panter ang tumalon upang salubungin siya na may balak na lamunin ang hindi inanyayang bisita. Oras na para tumakas ang ninja at oras na para makialam ka at tulungan siyang malampasan ang mga hadlang upang hindi maging hapunan para sa hayop sa Nano Ninjas.
