Sa ikatlong bahagi ng larong Sonic Advance 3, patuloy mong tutulungan ang matapang na Sonic at ang kanyang mga kaibigan na labanan ang nakakabaliw na Dr. Evil. Nais ng baliw na magtayo ng isang buong lungsod kung saan siya magpapalago ng mga halimaw. Upang gawin ito, kakailanganin niya ang mga bato ng Chaos. Dapat mahanap muna sila ng Sonic. Bago ka sa screen ay makikita ng iyong karakter at ng kanyang kasama. Gamit ang mga control key, makokontrol mo ang mga aksyon ng parehong mga bayani nang sabay-sabay. Kakailanganin mo silang ilipat sa paligid ng lokasyon at maingat na suriin ang lahat. Maghanap ng mga bato at bagay na nakakalat sa lahat ng dako at kolektahin ang mga ito. Sa iyong paraan ay makakatagpo ka ng mga hadlang at bitag na kailangang lampasan ng iyong mga bayani. Kung makatagpo sila ng mga halimaw, ang mga karakter ay magagawang lampasan o sirain sila sa pamamagitan ng pagsali sa labanan. Para sa pagpatay sa mga kalaban, bibigyan ka ng mga puntos sa Sonic Advance 3.
