Muli na namang nagpasya si Ninja na patakbuhin ang Ninja Samurai Runner upang manatili sa hugis hangga't walang mga salungatan at wala kahit saan upang ipakita ang kanyang mga kasanayan sa martial arts. Ngunit ang kanyang pagtakbo ay hindi lamang isang pag-eehersisyo, pupunta siya sa mga lugar. Saan ako makakahanap ng trophy gold: mga barya, singsing, bihirang dilaw na kristal. Kung saan mayroong isang bagay na mahalaga, dapat mayroong ilang uri ng catch, at ito ay totoo. Ang bayani ay kailangang mag-ingat, dahil maaaring may mga pampasabog sa tabi ng ginto. Habang tumatalon sa mga platform, kalkulahin ang hanay upang hindi ma-activate ang bomba sa Ninja Samurai Runner.
