Isang sinaunang demonyo ang lumabas mula sa pagkabihag at, kasama ang isang hukbo ng kanyang mga alipores, sinira ang isang pamayanan ng tao sa Japan. Ang matapang na ninja warrior na si Kyoto ay nagpasya na ipaghiganti ang kanyang mga kamag-anak at sirain ang hukbo ng kadiliman at ang demonyong namumuno dito. Ikaw sa laro ng Shadow Ninja Revenge ay makakatulong sa kanya sa pakikipagsapalaran na ito. Bago ka sa screen ay makikita sa isang tiyak na lugar kung saan matatagpuan ang iyong karakter. Sa tulong ng mga control key ay ididirekta mo ang mga aksyon nito. Ang iyong ninja ay tatakbo pasulong at mangolekta ng iba't ibang mga kapaki-pakinabang na item na nakakalat sa buong lugar sa daan. Sa kanyang paraan magkakaroon ng iba't ibang mga obstacle at traps na kailangan niyang tumalon sa pagtakbo. Ang pagkakaroon ng nakilala ang isa sa mga kalaban, ang iyong bayani ay matapang na sumugod sa labanan. Gamit ang isang espada at iba't ibang mga ibinabato na armas, kailangan niyang sirain ang kalaban.
