Sa isang digmaan, pangunahing sinusubukan ng kaaway na sirain ang mga pasilidad ng militar: mga paliparan, mga yunit ng militar, mga depot ng bala. Sa Atomic Fighter 2D, kontrolin mo ang isang fighter jet para protektahan ang kalangitan sa itaas ng isang base militar. Isang iskwadron ng kaaway na mga sasakyang panghimpapawid at mga bombero ang papalapit na rito. Ang iyong gawain ay hawakan ang depensa at aktibong atakehin ang kalaban sa buong harapan. Ilipat ang manlalaban sa kaliwa o sa kanan, lumayo mula sa paghihimay patungo sa lumilipad na mga eroplano ng kaaway at salakayin at sunugin ang iyong sarili, na sinisira ang mga eroplano nang isa-isa. Mangolekta ng iba't ibang mga bonus sa mabilisang, tutulungan ka nilang makayanan ang isang malaking bilang ng mga sumusulong na mga kaaway sa Atomic Fighter 2D.
