Ang tubig o anumang iba pang likido, na sumusunod sa mga batas ng grabidad, ay dadaloy pababa kung makakahanap ito ng paraan para sa sarili nito, kahit isang maliit na bitak. Sa Water Flow 3D kailangan mong hayaan itong malayang dumaloy upang mapuno ang mga parisukat na lalagyan sa ibaba. Ang bilang ng mga lalagyan ay mag-iiba, ngunit dapat mong tandaan na maaari mo lamang ibuhos ang likido ng kaukulang kulay sa kanila. Upang gawin ito, buksan ang mga shutter sa tamang pagkakasunud-sunod. Minsan ang mga likido ay kailangang paghaluin, at ang mga partisyon ng salamin ay kailangang basagin ng mabibigat na bola sa Water Flow 3D. Mayroong maraming mga antas at sila ay magkakaiba sa pagtatakda ng mga gawain.
