Ang lihim na ahente, na may codenamed # 46, ay kailangang magsagawa ng ilang mga misyon sa buong mundo ngayon. Ikaw sa larong Super Spy Agent 46 ay tutulong sa kanya dito. Sa pagpili ng isang misyon, makikita mo ang iyong sarili sa isang tiyak na lugar. Gamit ang mga control key, gagawin mong pasulong ang iyong bayani. Tumingin ng mabuti sa paligid. Sa sandaling mapansin mo ang kaaway, itutok ang iyong armas sa kanya at mahuli siya sa saklaw. Kapag handa na, buksan ang apoy upang patayin. Sa pamamagitan ng tumpak na pagbaril, papatayin mo ang mga kaaway. Para dito bibigyan ka ng mga puntos. Pagkatapos ng pagkamatay ng isang kaaway, maaaring mahulog sa kanya ang mga tropeo. Kakailanganin mong kolektahin ang mga item na ito. Tutulungan nila ang iyong bayani na mabuhay at manalo ng higit pang mga laban.
