Si Mario ay naglukot ng isang shell mula sa isang kanyon at nagmamadali patungo sa mga kaaway, ang bawat isa na nais na sirain ang kanyang katutubong Mushroom Kingdom. At maraming mga tao na nais na makuha ang mundo ng platform ng Mario, lumilipad sila, tumatakbo, gumagapang at lahat ay kukunan o subukang kumagat, tulad ng mga halaman na karnivorous na tumalon mula sa mga tubo. Kontrolin ang bayani sa Super Mario Ipagtanggol upang maiwasan niya ang pinsala, ngunit sa parehong oras ay shoot ng walang humpay, kung hindi man ay huli na. Ang sandata ng tubero ay napaka moderno at hindi kahit pang-lupa, ngunit alien ang pinagmulan, nagpunta ito sa bayani pagkatapos ng labanan sa mga robot. Nakita namin ang mga kalmadong oras ay isang bagay ng nakaraan, si Mario ay kailangang maging isang tunay na mandirigma sa Super Mario Defend.
