Ang Mushroom Kingdom ay dumanas ng isang alien invasion. Naglalakad ang mga alien robot sa mga platform at kalye, na nagbabanta sa lahat ng residente gamit ang kanilang mga bakal. Si Mario lang ang kayang lumaban sa aggressor, kumain na siya ng mushroom, naging malaking Super Mario, armado ng martilyo at bato at handang lumaban. Tulungan ang bayani, siya ay gumagalaw nang napakabilis, at sa pamamagitan ng pagpindot sa mga napiling mga pindutan sa kanang sulok sa ibaba, gawin siyang maghagis ng mga bato o pindutin ang ulo ng kaaway ng martilyo. Mas mainam na magbato ng mga malalaking robot. At para sa mga maliliit, isang malakas na suntok sa ulo sa Super Mario Run ay sapat na.
