Ang kaharian ng kabute ay tila hindi ganon kalaki, at gayunpaman, napakaraming basura ang naipon dito na hindi na ito umaangkop sa isang espesyal na itinalagang landfill. Nagpasya ang hari na itapon ang lahat sa dagat, ngunit ganap na tutol si Mario. Sa Super Mario Transporter, nilalayon niyang personal na alisin ang lahat ng basura sa kanyang katutubong lugar, kung saan ito mawawasak o ma-recycle. Para dito, naghanda ang bayani ng maraming uri ng mga tanker ng kargamento at iba pang mga barko. Ngunit ang isang tao ay dapat na tulungan ang bayani na buksan ang mga valve ng alisan ng tubig. Hindi malilito ang basura, magkakaiba ang mga kulay nito at dapat itong tumugma sa kulay ng lalagyan. Saan mo ibubuhos ang mga ito. Buksan ang mga flap at huwag ihalo ang mga likido sa Super Mario Transporter.
