Sa pangalawang bahagi ng Ninja Dogs 2, patuloy kang makakatulong sa isang pulutong ng mga aso ng ninja na labanan ang mga bantay mula sa kaharian ng mga pusa. Ngayon ay mayroon kang pag-atake sa kanilang mga kastilyo at makuha ang mga ito o sirain ang mga ito. Sa harap mo sa screen makikita mo ang isang tiyak na lugar kung saan matatagpuan ang mga gusali. Sa loob ng mga gusali, makikita mo ang mga sundalong pusa. Ang isang kanyon ay mai-install sa isang tiyak na distansya mula sa mga gusali. Sa tulong nito, kukunan mo ang iyong mga aso sa iyong mga giyera at sila, na lumipad sa isang tiyak na distansya, ay mag-crash sa pader ng gusali at sirain ang mga umaatake na pusa. Upang magawa ito, kakailanganin mong kalkulahin ang mga daanan ng iyong mga kuha. Matapos sirain ang lahat ng mga pusa, makakatanggap ka ng mga puntos at pumunta sa susunod na antas ng laro.
