Hanggang ngayon, kinailangan lamang makitungo ni Mario sa mga masasamang kabute, snail at iba pang mga alipores ng kanyang walang hanggang kaaway na si Bowser. Ngunit ang mga ito ay mga bulaklak lamang kumpara sa naghihintay sa kanya sa Super Mario Commander. Isang mapanirang pag-atake mula sa kalawakan ang hindi inaasahang ginawa sa Mundo ng Mario. Ang kakila-kilabot at mabisyo na mga nilalang, armado ng ngipin, ay nagdulot ng kaguluhan sa dating mapayapang kaharian. Si Mario ay kailangang kumuha ng isang seryosong sandata at gampanan ang isang sobrang bayani. At upang magtagumpay siya, tulungan ang plumber master ng isang bagong papel para sa kanyang sarili. Kinakailangan upang limasin ang mga platform ng mga pirata sa kalawakan at ibalik muli ang mundo sa mundo sa Super Mario Commander.
