Ang magkapatid ay hindi mapaghihiwalay at kapwa pinili ang propesyon ng militar. Sama-sama silang gumanap ng iba`t ibang mga misyon, pagtulong at pagsuporta sa bawat isa. Ngunit kamakailan lamang ay kinailangan nilang maghiwalay at ang isa sa mga kapatid ay nawala habang nagmimisyon. Ang bayani ng larong Super Jump Bros ay hindi naniniwala na ang kanyang kapatid ay patay na, nagpasya siyang maghanap sa kanya. Upang paikliin ang landas, kailangan niyang dumaan sa mga lupain na tinitirhan ng iba't ibang mga halimaw, kabilang ang mga kalansay at zombie. Tulungan ang manlalaban, maaari niyang matamaan ang mga kaaway ng isang tabak o magtapon ng mga bomba sa kanila, at maging sanhi din ng malakas na radiation. Kolektahin ang mga barya at kristal, maaari silang magamit sa tindahan para sa pagbili ng mga espesyal na sandata sa Super Jump Bros.
