Ang Spider-Man ay may mga hindi pangkaraniwang bagay na nangyayari minsan, at lalo na nitong mga huli. Maaari siyang matulog sa kanyang bahay, at magising sa isang ganap na naiibang lugar. Ito ay isang uri ng mahika o sobrang teknolohiya, kailangan mong malaman bago lumala. Sa laro ng Marvel Ultimate Spider-man Mystery City, ikaw at isang sobrang bayani ay mahahanap ang iyong sarili sa isang misteryosong lungsod na wala sa mapa. Malamang na siya ay nasa isang parallel na uniberso. Ang Spider-Man ay nais na maunawaan kung paano siya dinala sa kalawakan at kung bakit eksaktong narito. Upang lumipat sa paligid ng lungsod. Kinakailangan na tumalon at mapunta nang eksakto sa mga asul na tile, kung hindi man ay maaaring masugatan ang bayani sa Marvel Ultimate Spider-man Mystery City.
