Ang kaharian ng ninja ay muling hindi mapakali - isang sinaunang kasamaan ang nagising sa mga piitan at ang impluwensya nito ay kumalat sa mga naninirahan sa kaharian. Natuyo ang mga pananim, nagkakasakit ang mga tao at hayop, at binabawasan nito ang kaban. Sa larong Kingdom of Ninja 2, ang ninja king ay muling pupunta sa mga templo sa ilalim ng lupa upang alisin sa kanila ang mga nilalang ng kasamaan. Bilang karagdagan, ang bawat hitsura ng mga hindi makamundo na nilalang ay sinamahan din ng paggalaw ng mga dibdib na may ginto sa mga labirint. Ito ay isang kakaibang kababalaghan, ngunit ito ay naobserbahan na kapag ang lahat ng mga kayamanan ay nawala, ang mga halimaw ay natunaw. Ito ay isang napakaswerteng pagkakataon, dahil sa ganitong paraan ang hari ay magagawang lagyang muli ang kabang-yaman at suportahan ang mga naninirahan sa kanyang estado. Sasamahan mo siya sa ilalim ng lupa at tutulungan siyang makapasa sa lahat ng mga pagsubok. Maraming mga bitag ang naghihintay sa kanya, na lilitaw mula sa poly at sa kisame. Ang ilan ay lilipat sa mga corridors at kailangan mong magmaniobra nang maingat upang maiwasan ang pagbangga sa kanila. Ang pagkakaroon ng nakilalang mga halimaw, huwag subukang isali sila sa labanan, dahil ang iyong bayani ay walang armas, mas mabuti para sa iyo na lampasan ang mga ito nang hindi napapansin o tumalon lamang at magpatuloy sa iyong paraan sa larong Kingdom of Ninja 2. Kolektahin ang bawat solong barya at pagkatapos ay magiging ligtas muli ang piitan.
