Sa larong Kingdom of Ninja pupunta ka sa kaharian kung saan nakatira ang mga ninja warriors. Nitong mga nakaraang taon ay nagkaroon ng masamang lagay ng panahon at ang mga pananim ay kakaunti ang nabunga, at ang mga uhaw sa dugo na halimaw ay nagsimula na ring lumitaw. Ang hari mismo ang nagpasya na iwasto ang sitwasyon, dahil siya ang may pananagutan sa buhay ng kanyang mga naninirahan. Upang gawin ito, kailangan niyang bumaba sa mga catacomb sa ilalim ng lungsod, dahil mula doon nagsimulang lumitaw ang mga nilalang ng kadiliman sa gabi. Bilang karagdagan, nabasa niya sa mga sinaunang balumbon na ang mga sinaunang kayamanan ay nakatago sa mga labirint na ito, at kung makolekta silang lahat, ang masamang spell ay maaalis. Sasamahan mo ang iyong bida, na mukhang isang itim na parisukat na may pulang guhit sa kanyang mga mata. Upang matupad ang lahat ng mga kondisyon mula sa mga sinaunang salaysay, kailangan niyang pumunta sa ilalim ng lupa nang walang armas at tanging ang hindi kapani-paniwalang kagalingan ng kamay ay makakatulong sa kanya na makapasa sa lahat ng mga pagsubok. Mula sa mga unang hakbang ay kailangan niyang harapin ang iba't ibang uri ng mga bitag, mga butas sa lupa at matataas na mga ungos. Sa ilang mga lugar kailangan mong umakyat sa mga pader upang makarating sa susunod na palapag. Kung nakatagpo ka ng mga halimaw sa daan, hindi mo dapat subukang salakayin sila, dahil walang pagkakataong manalo sa labanan. Mas mainam na tumalon na lang at magpatuloy sa paghahanap ng mga treasure chest sa Kingdom of Ninja.
