Ang isang matapang na samurai na nagngangalang Kyoto ay nakatira sa mundo ng pixel. Ngayon ang ating bayani ay dapat na maglakbay sa mga liblib na lugar ng kanyang bansa at labanan ang iba't ibang mga kriminal doon. Ikaw sa larong Pixel Samurai ay tutulong sa kanya dito. Ang iyong samurai ay makikita sa screen sa harap mo, na kung saan ay matatagpuan sa isang tiyak na lugar. Gamit ang mga control key, mapapaunlad mo siya. Maingat na tingnan ang screen. Sa paraan ng iyong bayani, lilitaw ang iba't ibang mga hadlang at butas sa lupa. Kapag ang iyong karakter ay nasa isang tiyak na distansya mula sa mapanganib na lugar na ito, kailangan mong patalon siya. Sa gayon, ang iyong bayani ay lilipad sa pamamagitan ng hangin sa pamamagitan ng panganib na ito at makapagpatuloy sa kanyang paraan.
