Ang pinuno ng koponan ng Power Rangers ay may isang hindi natapos na personal na negosyo na kailangan niyang kumpletuhin at ayaw niya ng tulong mula sa kanyang mga kaibigan, ngunit kusang-loob niyang gagamitin ang iyo sa laro ng Power Rangers Ninja Run. Ang totoo ay nawala ang kanyang ninja best friend kamakailan. Nagpunta siya sa isang pagtatalo kasama ang isa sa kanyang mga kaaway, ngunit hindi na bumalik. Walang balita sa loob ng isang buong linggo, at hindi ito katulad ng isang mandirigma na nasanay upang mabilis na malutas ang lahat ng mga problema. Nagpasya ang Red Ranger na sundin ang mga yapak ng kanyang kaibigan at alamin ang kanyang kapalaran, pati na rin ang tulong kung kinakailangan. Tulungan siya sa Power Rangers Ninja Run, ang landas ay mahaba at lubhang mapanganib. Ang mga bitag ay inilalagay sa mga platform na sumabog kung ang isang tao ay malapit, kaya mag-ingat.
