Ang isang pangkat ng mga pirata ay nakarating sa isang disyerto na isla upang makuha ang kanilang mga nakatagong kayamanan. Ngunit isa pang barko ng pirata ang sumunod sa kanila. Ang kanyang kapitan ay nais na kumita mula sa kayamanan ng ibang tao. Sa Pirate Run, dapat mong tulungan ang batang pirata na mauna ang kontrabida at kolektahin ang lahat ng mga pulang rubi bago maabutan siya ng matandang tulisan. Ang mga kristal ay lilitaw sa mga platform nang paisa-isa. Ito ay nagkakahalaga ng pagpili ng isa, dahil ang pangalawa ay lilitaw sa susunod, ngunit sa ibang lugar, at iba pa. Sa una, ang humahabol ay mag-iisa din, ngunit pagkatapos ay magkakaroon ng higit sa kanila at ang gawain ng bayani ay magiging mas mahirap. Gaano katagal ka makatagal sa Pirate Run!
