Isang matapang na mandirigma ng ninja na nagngangalang Kyoto ay nagpalista sa lihim na dibisyon ng kanyang bansa. Ang kanyang gawain ay upang alisin ang mga bosses ng mafia. Ngayon sa laro Stealth Master 3D tutulungan mo siya upang maisakatuparan ang iba't ibang mga gawain. Sa harap mo sa screen makikita mo ang iyong karakter, na nasa silid ng gusali na may armas sa kanyang mga kamay. Maglalakad sa sahig ang mga armadong guwardya. Gagamitin mo ang mga control key upang makontrol ang mga pagkilos ng iyong character. Kakailanganin mong tiyakin na siya ay stealthily na gumapang hanggang sa kaaway at pagkatapos ay sinaksak ng kanyang espada. Sa gayon, papatayin mo ang kaaway at makakakuha ng mga puntos para dito. Ang iyong gawain ay upang limasin ang buong palapag mula sa mga guwardya sa ganitong paraan at patayin ang boss.
