Ang isang batang lalaki na si Kyoto ay sumali sa lihim na pagkakasunud-sunod ng mga mandirigma ng ninja. Ipinadala siya sa mga bundok sa isang espesyal na templo kung saan matatagpuan ang Academy, kung saan ang lahat ng mga panimulang digmaan ay sinanay. Ngayon ang aming bayani ay may sesyon sa pagsasanay at tutulungan mo siya upang maisagawa siya sa larong Ninja Academy. Sa harap mo sa screen makikita mo ang iyong karakter, na nakatayo sa looban ng templo. Ang isang espesyal na panel na may mga control key ay makikita sa ilalim nito. Sa kanyang tulong, ididirekta mo ang mga aksyon ng iyong bayani. Ang mga bagay ay lilitaw sa harap niya mula sa iba't ibang panig. Ikaw na nangunguna sa bayani ay kailangang magdulot ng tumpak na suntok sa kanila sa tulong ng mga kamay o paa. Ang bawat tumpak na hit ng sa iyo ay magdadala sa iyo ng isang tiyak na bilang ng mga puntos. Pagkatapos ng pagsasanay ng mga suntok, ikaw ay magpatuloy sa pag-eehersisyo ng iba't ibang mga diskarte.
