Ang isang maliit na pangkat ng hindi makatarungang nahatulan na mga bilanggo ay nagpasyang mag-ayos ng isang jailbreak. Sa larong Prison Break 3D tutulungan mo silang makakuha ng libre. Sa harap mo sa screen makikita mo ang iyong pangkat na nakatayo sa koridor ng bilangguan. Nabuksan nila ang lock at lumabas sa cell. Ngayon ay kakailanganin mong gabayan sila sa isang tukoy na ruta. Maaari mong makontrol ang kanilang mga aksyon gamit ang mga control key o mouse. Ang mga cell ay naka-install sa mga lugar ng bilangguan, pati na rin ang mga bantay. Dapat mong isaalang-alang ito. Ang iyong ruta ay dapat na nasa labas ng lugar ng pagsubaybay ng mga camera. Gayundin, hindi ka dapat mahuli ng mga bantay. Kung mangyari ito, isang alarma ang itataas sa bilangguan at mahuhuli ang iyong mga bilanggo.
