Ang bantog na tubero na si Mario ay regular na nagpapanatili ng kaayusan sa Mushroom Kingdom, pana-panahong sinasagip ang prinsesa at nakikipag-away kay Bowser at sa kanyang mga alipores. Ngunit kahit na ang tulad ng isang walang pagod na bayani minsan ay nangangailangan ng pahinga. Sa ilang siglo, isang matapang na maliit na tao na may pulang takip ang nagpasyang magbakasyon at pumunta sa tropiko. Matagal na niyang pinangarap na bisitahin ang gubat, kung saan mo siya makikilala sa Super Mario Run 3D. Mabuti pa ang lahat noong una. Sumakay siya ng isang bangka at nagpasyang bumaba sa Amazon River. Ngunit ang bangka ay nagsimulang tumagas, kailangan niyang lumapag sa baybayin at maglakad papasok sa kagubatan. Si Mario ay hindi lahat natatakot sa mga ligaw na kagubatan, matagal na niyang pinangarap na mabuhay sa kalikasan lamang, mula sa pagmamadali at pagmamadali at mga problema. Sa gabi ay nag-apoy siya, at sa umaga ay nagpatuloy siya sa kanyang paraan upang pumunta sa susunod na nayon. Di-nagtagal nakita niya ang pag-areglo ng isang maliit na tribo at mananatili sa kanila nang kaunti kung papayag silang tanggapin ito. Ngunit ang mga katutubo ay naging mga kanibal at sa halip na mabuting pakikitungo ay inalok nila siya ng isang kaldero ng kumukulong tubig, kung saan natural na hindi pumayag ang aming bayani. Siya, nag-aalangan, sumugod sa pagtakbo, sumugod sa kanya ang mga ganid. Tulungan si Mario na hindi maging karne ng sabaw sa Super Mario Run 3D.
