Masaya at matapang na tubero na si Super Mario ngayon ay nagpasya na tulungan ang hari at iligtas ang prinsesa na inagaw ng madilim na salamangkero. Ikaw sa Super Mario Advance ay kailangang makatulong sa kanya dito. Ang iyong karakter ay makikita sa screen sa harap mo, na makikita sa isang tiyak na lokasyon. Gamit ang mga control key, gagawin mo siyang patakbuhin at mangolekta ng iba't ibang mga bagay at mga gintong barya na nakakalat sa buong lugar. Sa iyong paraan, mahahanap mo ang mga butas sa lupa at iba't ibang mga uri ng mga bitag na si Mario, sa ilalim ng iyong patnubay, ay kailangang tumalon. Mahahanap mo rin ang iba't ibang mga halimaw. Maaari silang pumatay ng iyong bayani kung tumalon siya sa kanilang mga ulo. Para sa pagpatay sa bawat halimaw, bibigyan ka ng mga puntos.
