Si Sonic, kasama ang kanyang mga kaibigan, ay nagpasyang pumunta sa kalaliman upang makahanap doon ng isang sinaunang templo kung saan, ayon sa alamat, ang mga kayamanan ng nawala na sibilisasyong Maya ay nakatago. Ikaw sa larong Sonic 2 Heroes ay tutulong sa kanila sa pakikipagsapalaran na ito. Si Sonic ay makikita sa screen sa harap mo, kasama ang kanyang mga kaibigan, na magiging sa simula ng daanan. Maaari mong gamitin ang mga control key upang makontrol ang lahat ng mga character nang sabay-sabay. Kakailanganin mong paandarin sila. Sa kanilang paraan, magkakaroon ng mga butas sa lupa at mga hadlang ng iba't ibang taas. Kakailanganin mong gawin ang mga bayani na tumalon sa mga puwang at umakyat ng mga hadlang sa bilis. Kung nakagambala ka sa mga gintong barya, kakailanganin mong kolektahin ang mga ito.
