Sa isang malayong kamangha-manghang mundo, ang mga nilalang tulad ng Pokemon ay nabubuhay. Nahahati sila sa mga pangkat na sumasamba sa mga diwa ng kalikasan. Minsan, ang mga sumasamba sa mga espiritu ng Apoy at Tubig ay nagsagawa ng isang ritwal at ipinatawag ang mga banal na nilalang na ito sa mundong ito. Ngunit sila ay naging napakasamang espiritu at hindi nakontrol. Ngayon ang buong planeta ay nasa gulo at ang mga natural na sakuna ay patuloy na nangyayari. Ikaw sa larong Pokemon Emerald Version ay kailangang labanan sila. Sa harap mo sa screen makikita mo ang isang tiyak na lugar kung saan matatagpuan ang iyong mga character. Aatakihin nila halimbawa ang diwa ng Apoy. Ididirekta mo ang kanilang mga aksyon gamit ang isang nakalaang control panel. Sa tulong nito, pipilitin mo ang iyong Pokémon na maglapat ng iba't ibang mga magic spell kung saan sasaktan nila ang kanilang kalaban.
