Ang mabait na tubero na si Mario ay may karibal - ang tuso at tuso na si Vario. Patuloy siyang nakikipagkumpitensya sa bayani sa anumang kadahilanan. Sa lihim, nais niyang pumalit sa lugar ni Mario sa Mushroom Kingdom, mas malapit sa magandang prinsesa na Peach. Noong isang araw iminungkahi ng taong palihim na ang tubero ay mag-ayos ng isang paligsahan sa pagpapatakbo. Upang manalo, kailangan mong maging una upang maabot ang pulang bandila, deftly jumping over blocks. Tulungan si Mario, ayaw mong manalo si Vario. Habang tumatakbo, subukang huwag makaligtaan ang mga barya. Ito ay hindi lamang ginto, ngunit isang paraan upang mapabilis ang bayani, tatakbo siya nang mas mabilis na may isang barya sa kanyang bulsa. Kung ang bayani ay nadapa sa isang balakid, babalik siya sa pagsisimula ng Super Mario vs Wario.
