Walang hanggang kaaway ni Mario - Si Bowser ay muling nakikilala ang kanyang sarili. Ginawa at ninakaw niya ang lahat ng mga bituin mula sa kalangitan, na umaabot sa ibabaw ng Mushroom Kingdom. Ngunit hindi ito sapat, tinipon ng kontrabida ang mga samsam at nagtungo sa Ehipto upang ikalat ang mga ito sa mga buhangin sa pagitan ng mga piramide at estatwa ng mga pharaoh. Ang Princess Peach ay lumabas sa gabi upang humanga sa mga bituin, nakita ang kumpletong kadiliman at labis na ikinagalit, at agad na ipinadala ng hari si Mario. Ang tubero ay inutusan na agad na maglakbay sa Egypt at makuha ang lahat ng mga ninakaw na bituin. Ang bayani ay masunurin na umalis, at maaari mo siyang sundan sa Super Mario Egypt Stars at tulungan makumpleto ang misyon. Muli kakailanganin mong labanan ang mga masasamang kabute at mga halaman na kame, tumalon sa mga platform at mangolekta ng mga barya, ngunit dapat kang mangolekta ng mga bituin.
