Sa isa sa mga isla sa Karagatang Pasipiko, isang lihim na base ng gobyerno ang matatagpuan kung saan nagsagawa ang mga siyentista ng mga eksperimento sa mga tao. Ngunit narito ang problema, ang mga paksa ng pagsubok ay napalaya at nawasak ang karamihan sa mga pangunahing tauhan. Ang ilan sa mga siyentipiko lahat ay nagawang makatakas at ikulong ang kanilang sarili sa canteen ng base. Sa laro ng Cry Island kakailanganin mong tumagos sa isla at sirain ang lahat ng mga mutant. Ang iyong bayani ay mahuhulog sa pamamagitan ng helikopter sa isang tiyak na bahagi ng isla. Sa mga sandatang handa na, kakailanganin mong sumulong at maingat na tumingin sa paligid. Sa sandaling mapansin mo ang kaaway, kakailanganin mong itutok ang iyong sandata sa kaaway at buksan ang apoy upang pumatay. Saktong pagbaril sa kaaway, sisirain mo siya. Para sa bawat pumatay bibigyan ka ng isang tiyak na bilang ng mga puntos.
