Sa isang maliit na saradong bayan sa Timog ng Amerika, nanirahan ang mga siyentipiko na nagsagawa ng mga eksperimento sa mga armas na biological. Kapag ang pinaka-mapanganib na virus ay pumutok nang libre at sinira ang buong populasyon ng lungsod. Pagkatapos ng kamatayan, ang mga namatay na tao ay bumangon bilang ang buhay na patay. Sa laro ng Kumander ng Lihim ng Kumander ay maglilingkod ka sa isang espesyal na pwersa ng iskuwad, na iniutos upang i-clear ang lungsod mula sa mga zombie. Sa harap mo sa screen makikita mo ang iyong karakter na, na may mga sandata sa kanyang mga kamay, ay lalalakad sa mga kalye ng lungsod. Tingnan ang mabuti sa paligid. Aatake ka ng mga zombie mula sa lahat ng panig. Kailangan mong manatiling isang distansya upang mahuli ang mga ito sa paningin ng iyong armas at bukas na apoy upang patayin. Ang mga bala sa paghagupit sa mga zombie ay makakasira sa kanila. Para sa bawat zombie na pinatay, makakatanggap ka ng mga puntos.
