Tumingin sa Kaharian ng Mushroom, isang pang-emergency na nangyari muli - Inagaw si Princess Peach. Ngunit sa oras na ito ang masamang Bowser ay walang kinalaman dito, dahil hindi ito nakakagulat. Ang mahirap na bagay ay kinaladkad palayo ng isang masamang multo at lumipad kasama ang pag-hostage sa madilim na bahagi ng isang ganap na naiibang mundo, hindi kabilang sa isa kung saan nakatira si Mario. Ang matapang na tubero ay kailangang tumawid sa mundo ng Minecraft at hanapin ang kidnapper. Kapag sa isang dayuhang teritoryo, si Mario ay magiging tulad ng mga block na naninirahan at hindi ito nakakagulat, hindi na niya kailangang panindigan. Tulungan ang bayani sa Super Mario MineCraft Runner rush kasama ang isang mahabang landas na may mga hadlang sa pagkolekta ng mga barya.
