Sa mundo ng Lego, ang lahat ay kalmado, ngunit ang madilim na puwersa ay hindi natutulog at maaaring maisaaktibo sa anumang oras. Ang mga bayani ng Ninja ay palaging handa, ngunit ang ilan sa mga ito ay lalo na walang tiyaga at ito ang aming bayani na nagngangalang Jay. Ayaw niyang umupo at maghintay hanggang sa pag-atake nila, nagpasya ang tao na maglakad upang matugunan ang mga panganib. Ang kawili-wili at kamangha-manghang pakikipagsapalaran ay hindi maaaring palampasin, at maaari kang lumahok sa pamamagitan ng pangunahing karakter, pagkontrol sa kanyang mga aksyon sa laro LEGO Ninjago Prime Empire. Sumakay sa isang paglalakbay at kasama ang paraan ipapaliwanag sa iyo ng laro kung aling mga key ang kailangan mong patakbuhin. Ang bayani ay kailangang harapin ang mga kaaway at mapagtagumpayan ang maraming mga hadlang.
