Sa ikalawang bahagi ng laro ng Virus Ninja 2, makakatulong ka sa isang matapang na mandirigma ninja na labanan ang iba't ibang mga virus. Bago ka sa screen ay magkakaroon ng larangan ng paglalaro kung saan lilitaw ang iba't ibang mga bakterya. Ililipat sila sa iba't ibang direksyon at sa iba't ibang bilis. Upang sirain ang mga ito kailangan mong gumamit ng isang tabak. Maingat na tingnan ang screen at magmaneho ng mga bagay gamit ang mouse. Sa gayon, sasaktan mo ang bakterya at i-chop ang mga ito. Minsan ang mga bomba ay maaaring lumitaw sa mga bagay na ito. Hindi mo dapat i-swing ang mga ito.
