Sa pamamagitan ng uri ng aktibidad, ang mga miyembro ng mystical investigation ahensya, kung saan ang Scooby-Doo ay hindi ang huli, ay nasa iba't ibang mga lugar. Kadalasan ang mga ito ay mapanganib at kahit na kailangang mapanganib ang kanilang buhay. Sa laro Scooby-Doo! 's Over-board ay sasama ka sa mga bayani sa isang pirate ship. Ang mga pirata mismo ay magkasalungat na mga lalaki, at pagkatapos ay nagkasundo lamang sila at nagsimula ang kaguluhan sa barko. Ang pangkat ay nahahati sa dalawang bahagi, na matatagpuan sa tapat ng mga dulo ng kubyerta. Nagpaputok sila ng baril, nagtatapon ng mga sabers at iba pang mga mapanganib na bagay. Sa ganitong sitwasyon, kailangan mong tulungan si Scooby na makarating sa kubyerta.
