Ang matapang na mandirigma ninja ay pumasok sa teritoryo ng kalaban. Ang iyong bayani ay dapat magnakaw ng mga lihim na dokumento mula sa kastilyo ng isa sa mga aristokrata. Ikaw sa laro Ninja Runner ay magkakaroon upang matulungan ang digmaang ninja upang makapunta sa integridad. Ang iyong bayani ay tatakbo sa isang tiyak na ruta sa kalsada. Matatagpuan ang iba't ibang mga hadlang at pagkabigo. Kailangan mong gawin upang tumalon siya sa lahat ng mga panganib na ito. Sa daan, subukang mangolekta ng iba't ibang mga bagay at mga gintong barya na nakakalat sa lahat ng dako.
