Tumanggap ng mga order ang lihim na ahente na si Joni na maipasok ang iba't ibang mga pag-install ng militar ng kaaway at nakawin ang mga lihim na pag-unlad mula doon. Ikaw sa laro Johnny Megatone ay magkakaroon upang matulungan ang aming bayani sa mga pakikipagsapalaran. Ang iyong bayani ay kailangang dumaan sa iba't ibang mga lokasyon. Sa kanyang paraan ay matatagpuan ang iba't ibang mga bitag at mga hadlang. Gamit ang control key, kakailanganin mong pilitin ang iyong bayani na tumalon sa bahagi ng mga traps, o pilitin siyang i-bypass ang mga ito. Kung nakatagpo ka ng isang kaaway, sasali ka sa labanan sa kanila at sirain ito.
