Sa bagong laro ng Ninja vs Ninja, pupunta ka sa mundo kung saan nakatira ang mga tao sa kahon. May isang digmaan sa pagitan ng dalawang mga order ng ninja at sasali ka sa isa sa mga ito. Ang iyong karakter ay isang tao na pulang kahon. Papasok siya sa silid kung saan asul ang kanyang kalaban. Sa pagitan ng mga ito ay matatagpuan iba't ibang mga hadlang at mga bitag. Kailangan mong gabayan ang iyong karakter sa lahat ng mga panganib at atake sa iyong kalaban. Gamit ang iba't ibang mga pagkahagis armas ay nawasak mo ang kaaway at kumuha ng mga puntos para dito.
