Sa iyong submarino ng Flappy Submarine, kakailanganin mong pumunta sa teritoryo ng ibang estado at magsagawa ng muling pagsasaalang-alang sa submarino. Bago ka sa screen makikita mo ang seabed kasama kung saan ang iyong submarino ay unti-unting nakakakuha ng bilis. Na lumutang siya sa isang tiyak na taas sa ilalim ng tubig, kailangan mong mag-click sa screen gamit ang mouse. Sa ruta ng iyong submarino ay mahuhulog sa iba't ibang mga traps. Kailangan mong iwasan ang mga ito at maiwasan ang pagbangga sa kanila.
